Большинство населённых пунктов района основаны во второй половине XVII века томскими казаками.
В Российской империи и в первые годы советской власти территория входила в состав Томской губернии. Постановлением Президиума Томского Губисполкома 4 сентября 1924 года был образован Тайгинский район. После ликвидации губерний район с 25 мая 1925 года вошёл в состав Томского округа Сибирского края. Постановлением ВЦИК от 20 июня 1930 года Тайгинский район был упразднён: Борисовский, Бородавский, Ботиновский и Таловский сельсоветы были переданы в состав Судженского района, а из остальных сельсоветов был образован новый Яшкинский район. 30 июля 1930 года округа были упразднены, а Сибирский край был разделён на западную и восточную части; район оказался в составе Западно-Сибирского края.
Постановлением ВЦИК от 20 февраля 1931 года центр района был перенесён в город Тайга, а район опять был переименован в Тайгинский. Постановлением ВЦИК от 2 марта 1932 года Борисовский, Бородавский, Вотиновский и Таловский сельсоветы были переданы в состав Тайгинского района. 20 января 1936 года в Барзасский район были переданы город Борисовский и Вотиновский сельсовет.
28 сентября 1937 года Западно-Сибирский край был упразднён, и район оказался в составе новой Новосибирской области. 7 февраля 1939 года Ново-Романовский и Больше-Ямский сельсоветы были переданы в Юргинский район. Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 26 марта 1940 года районные власти были переведены в рабочий посёлок Яшкино, и район был вновь переименован из Тайгинского в Яшкинский. 26 января 1943 года была образована Кемеровская область, и район был передан в её состав.
В соответствии с указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 1 февраля 1963 года «Об укрупнении районов, образовании промышленных районов и изменении подчинённости районов и городов Кемеровской области» Яшкинский район был упразднён, а входившие в его состав сельсоветы были переданы в состав Юргинского района; рабочий посёлок Яшкино перешёл в подчинение Юргинского горсовета. Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 11 января 1965 года «Об изменениях в административно-территориальном делении Кемеровской области» Яшкинский район был образован вновь.
В 1970-х годах в районе планировалось построить город Тутальск.
В августе-сентябре 2019 года Яшкинский муниципальный район был упразднён, а все входившие в его состав поселения были преобразованы путём объединения в Яшкинский муниципальный округ.
Яшкинский административный район как административно-территориальная единица области сохраняет свой статус.